Criada a ideia da criação do colégio, o rei empenhou-se em criar condições para a sua edificação.

A primeira pedra foi lançada em Abril de 1547. Em 1551, Santo Inácio apoiou a ideia de criação de colégios jesuítas para ensino externo, o que levou também à construção em Évora e Santo Antão. Em 1555, o rei atribuiu aos jesuítas o Colégio das Artes, ‘’um centro de ensino preparatório para a entrada nas faculdades” (Que Universidade? Artigo de Pombalina Coimbra University Press, p.29). Este Colégio havia sido criado em 1548, e segundo o mesmo artigo, colocou Portugal ‘’ao lado de outros países da Europa no campo do ensino das humanidades”, seguindo os ‘’ princípios do Humanismo Cristão”.Os jesuítas, que tiveram o seu primeiro colégio em 1542 na Couraça dos Apóstolos, assumiram assim um dos colégios mais importantes na Europa, que na sua criação foi orientado por André de Gouveia. André de Gouveia, sobrinho de Diogo Gouveia, tinha gerido um colégio em Bordéus, e daí trouxe alguns dos mais notáveis professores para Coimbra. Tal decisão viria a criar conflito com os professores que já lá se encontravam, vindos de Paris, e afeiçoados a Diogo Gouveia. De resto, importa salientar que havia um ‘’ódio profundo que Diogo de Gouveia nutria por seu sobrinho André de Gouveia” (Universidade de Coimbra, Esboço da Sua História, p. 205). Contudo, André viria a falecer no ano de fundação do colégio, e Dom João III colocaria um sobrinho de Diogo Gouveia no cargo, que desta feita desagradaria aos bordelenses. Envolto em constantes conflitos e com a Inquisição à mistura, com acusações várias de parte a parte, o Colégio conheceu um período bastante conturbado.Deste modo, Dom João III procurou ‘’remediar a triste situação do Colégio” (Universidade de Coimbra, Esboço da Sua História, p. 206). Como tal, a entrega aos Jesuítas era vista com bons olhos devido a dois fatores: dificilmente seriam acusados de heresia, para além de os fundadores terem lá estudado anteriormente e não cobravam salários; em 1511, os jesuítas já tinham incluído o ensino ao público na sua missão.Assim, em 1555, o rei decidiu entregar o Colégio das Artes aos jesuítas. É pela mão desta Companhia que se revolucionará o Ensino. Em 1581, criou-se um processo de uniformização dos planos e métodos de estudo nos vários Colégios de jesuítas, que ficaria conhecido como Ratio Studiorum. Este surgiria após um longo processo de debate quanto às matérias a lecionar, e ficarão apenas regulados os diferentes métodos e organização curricular. Paralelamente, nasceu a ideia da criação de manuais, para se combater a demora causada pelos ditados dos professores, que fazia com que os estudos demorassem mais anos do que o pretendido. Assim, surgiu também o Cursus Conimbricensis. Após uma primeira tentativa falhada, com Pedro de Fonseca a escrever livros demasiados complexos, os jesuítas de Coimbra propuseram uma outra metodologia, aceite por Roma em 1579. Deste modo, seria publicada entre 1592 e 1606 como uma obra coletiva de conimbricenses do Colégio de Coimbra, o que colocou ainda mais a cidade como uma referência intelectual, com os seus manuais a serem usados por outras universidades europeias e ordens religiosas. O Cursus Conimbricensis, a título de curiosidade, viria a ser referido por alguns autores famosos, como Descartes, Jonh Locke e Karl Marx. Na China, alguns convertidos por jesuítas traduziriam os manuais para mandarim.Concluindo, é indiscutível o papel de Dom João III na reformulação do Ensino em Portugal. Contudo, importa referir o papel de Diogo de Gouveia, absolutamente essencial no início deste processo que viria a desencadear uma onda de acontecimentos que permitiu a passagem de várias personalidades importantes pelo país e colocou Portugal no mapa do mundo letrado. Como resultado das bolsas fornecidas pelo rei aos cinquenta portugueses no Colégio de Santa Bárbara, foram formados, sob a égide de Diogo Gouveia, várias personalidades bastante capazes de servir o Reino de Portugal. Numa visão bastante certeira e capaz de prever o futuro, o diretor do Colégio de Paris avisou o rei da existência destes indivíduos, e preparou o seu envio para a Corte portuguesa. A partir daí, o que aconteceu a seguir foi explicado na exposição que acima redigi, com a Companhia dos Jesuítas a ganhar um papel relevante no país e no Mundo.